Durante o processo de requalificação do edifício do mosteiro para implementação deste museu foram realizadas intervenções arqueológicas. Entre 2009 e 2010 foram recuperados vários materiais arqueológicos, entre os quais se encontram estes elementos arquitetónicos da igreja primitiva, que pertenceriam à fase Românica do edifício.
Fragmentos de elementos arquitetónicos decorados (Baixa Idade Média)
Os fragmentos de elementos arquitetónicos em granito apresentam decoração com motivos vegetalistas. Os motivos são realizados através de talhe biselado, oblíquo, típico do Românico do norte, condicionado pelo uso do granito. Estes blocos foram recolhidos fora do seu contexto original, mas integrados no atual edifício. Um deles apoiava o travejamento da cobertura.
Base de coluna (Baixa Idade Média)
Base de coluna em granito, com o plinto quadrado e toro circular sobreposto. Este elemento arquitetónico foi recolhido fora do seu contexto original, num depósito de enchimento na ala norte do edifício.